重庆市巴南区中医院位于重庆主城区南大门——巴南区龙洲湾，始建于1956年，是国家二级甲等中医医院、国家爱婴医院、重庆市交通事故快速抢救定点医院、巴南区城乡居民合作医疗保险定点医院、城镇职工医疗保险定点医院、工伤保险定点医院、生育保险定点医院、干部保健定点医院、商业保险定点医院、巴南区中医药学会理事长单位、巴南区中医药适宜技术培训基地、重庆医科大学中医药学院和重庆市护士学校教学实习医院、巴南区中医医疗、教学、科研基地。
院本部龙洲湾院区占地面积30亩，建筑面积51000余平方米。现有职工总人数640余人，其中卫生专业技术人员560余人，中高级卫生专业技术人员160人，博士1人，硕士34人，重庆市名中医2人，巴南区名中医3人。
医院开设急诊医学科、肺病科（呼吸与危重症医学科）、脾胃病科（消化内科）、心病科（心血管内科）、脑病科（神经内科）、肾病科（肾内科）、肿瘤科、普通外科、泌尿外科、创疡科、神经外科、胸外科、骨伤一科、骨伤二科、妇产科、儿科、皮肤病科、肛肠科、老年病科、针灸科、推拿科、康复医学科、口腔科、眼科、耳鼻咽喉科、内分泌科、风湿病科、感染科（发热门诊、肠道门诊）、重症医学科、麻醉科、治未病科、血液透析科、预防保健科（公共卫生科）、计划生育科等34个临床科室。开设药学部、医学影像科、功能检查科、医学检验科、输血科、营养科、病理科、消毒供应中心等8个医技科室。设住院病区15个，开设床位700张。年门急诊30万人次，年收治住院患者20000人次。
医院配备1.5T核磁共振、64排螺旋CT、全自动生化分析仪、全自动化学发光仪、四维彩超等检查设备。配备骨质疏松治疗仪、中药熏蒸治疗仪、电针仪、微波治疗仪、肌力精细运动训练系统等中医诊疗设备。配备保胆取石硬镜、钬激光、经皮肾镜、关节镜等微创设备。
医院现有重庆市首个区县级医疗机构的国医大师传承工作室——国医大师段亚亭传承工作室，巴南区唯一的国家级名老中医药专家传承工作室——温木生全国基层名老中医药专家传承工作室。拥有国家级中医特色专科2个：针灸科、骨伤科；拥有重庆市中医重点专科2个：针灸科、儿科；拥有重庆市中医特色专科和中医重点专科建设项目1个：皮肤科。
到2025年左右，巴南区中医院将建成中医药特色优势突出、中医药文化氛围浓厚的现代化三级中医综合医院。届时，医院覆盖巴南区全域及江津、大渡口、九龙坡、南川等区县以及贵州北部、四川东部等地区人口，为更多的群众提供全周期的中医药医疗、预防、养生与保健服务。
重庆市巴南区中医院治未病科（体检中心）是我院中医特色突出，提供个体化中医体检和中医药预防保健服务的一级临床科室。"治未病"理论源于2000多年前中医典籍《黄帝内经》。其理论的核心是"未病先防、欲病防患、既病防变、癌后防复"。科室注重传统医学和现代医学相结合，全面开展中医个体化体检，团队、入职、入学等各项体检，并针对检后体检阳性客户、不同体质偏颇人群进行健康干预，现已形成了系统的中医体质辨识、经络检测、中医诊疗、干预调理方案、干预效果评估、健康跟踪等一系列有中医特色的健康管理体系。
科室坚持“中医辨证、内调外治”的诊治方法，运用针灸、蜡疗、拔罐、熏蒸、刮痧、贴敷、艾灸、药浴等中医传统方法，结合药膳、食疗、穴位保健等养生方式，综合干预、治疗亚健康（虚劳、胃肠功能失调、失眠、体虚感冒等）、病前状态（高脂血症、临界高血压、更年期、颈肩腰腿痛等）、多种慢性病、疑难杂症等。科室常年开展针灸理疗，季节性开展“三伏灸、三九灸”、祛虫防疫香囊、保健茶饮等中医药预防保健项目。
